La chiesa di S. Lucia, denominata anticamente di Santa Maria in Pensulis, ebbe origine, nel cuore del centro storico della città, nel VII secolo. La sua primitiva costruzione, tuttora individuabile all'interno dell'attuale corpo di fabbrica, era disposta ortogonalmente a quella di oggi.Di essa sono visibili la piccola abside affrescata, le tracce dell'antico interno e le bifore murate della facciata principale della nuova chiesa. Menzionata la prima volta in una pergamena del 976, è annoverata tra le più antiche parrocchie di Gaeta nella relazione fatta alla R. Camera della Sommaria dal vescovo Ildefonso Lassosedegno nel 1591.Il suo interno, suddiviso da tre navate, conserva nonostante l'aggiunta duecentesca delle volte a crociera un impianto planimetrico longitudinale non dissimile dalle forme desideriane delle costruzioni benedettine coeve. A partire dal 1648 subì radicali trasformazioni con l'aggiunta di ornamentazioni barocche eliminate nel restauro del 1930. Venne riconsacrata nel 1765 dal vescovo Carmignani.