L’attuale tempio di San Domenico e il monastero annesso risalgono alla metà del Quattrocento, quando venne distrutta la chiesa originaria per favorire la costruzione del castello aragonese.
I Domenicani, però, erano presenti a Gaeta dal 1229: la prima chiesa e convento dedicati a S. Domenico di Guzmán (1170 ca. - 1221), fondatore dell’Ordine dei Frati Predicatori, furono costruiti nel corso del XIII secolo nell’area già occupata dal castello svevo, distrutto dalle truppe pontificie.
Il complesso, costruito a ridosso della falesia sul mare, obliterò il monastero di S. Maria delle monache benedettine.
Nel convento fu avviato alla vita religiosa Tommaso De Vio (1484), poi cardinale e vescovo di Gaeta (1519-1534), nonché legato papale presso Lutero (1518).
Durante l’occupazione austriaca (1707) il complesso subì gravi danni. Sotto i Francesi (1809) venne soppresso il convento per trasformarlo in caserma, mentre la chiesa divenne deposito di viveri per i militari.
Nel 1813 alcune opere d’arte furono rimosse dalla chiesa: l’organo e la statua del santo furono trasferite nella chiesa di S. Croce di Spigno Saturnia (distrutta durante la battaglia di Cassino, 1944). Anche il successivo Regno borbonico continuò ad utilizzare il complesso per scopi militari (1817).
La chiesa fu restaurata alla fine degli anni Venti del Novecento e fu temporaneamente dotata di opere d’arte provenienti dal Museo di Capodimonte. Fino alla fine degli anni Sessanta del Novecento fu officiata parrocchia.
L’imponente struttura è composta da due navate diseguali su disegno tardo gotico di architetti catalani trapiantati nel regno di Napoli dopo la conquista da parte di Alfonso V d’Aragona (1442). La facciata, ampia e spoglia, è caratterizzata dal portale monumentale del XIV secolo. Alla destra del portale vi è un’altra apertura: l’originale passaggio tra chiesa e convento.
La chiesa è tuttora consacrata, mentre il convento è in totale abbandono. La chiesa e il convento si affacciano su una piazzetta a lato della strada, che fino al 1853, anno dell’ampliamento di via Aragonese, era poco più di un vicolo; sulla destra si erge il campanile con eleganti bifore e portale catalano decorato da stelle a otto punte, residuo del precedente convento del XIII secolo.
Oggi si può ammirare l’imponente struttura gotica con le altissime campate e le eleganti arcate quattrocentesche. Al centro dell’abside si erge l’altare maggiore, un semplice blocco di pietra realizzato nel 1928.
Nel convento dal 1622 aveva sede la Confraternita del SS. Rosario, che possedeva una ricchissima cappella nella chiesa. Nel 1809 la soppressione del convento ad opera del governo decennale francese, fece si che la Confraternita si trasferisse nella vicina chiesa di S. Tommaso, poi del SS. Rosario. Sotto il presbiterio della chiesa e sotto la sacrestia sono presenti alcuni ambienti a mo di cripta utilizzata dal 1747 dalla Confraternita del SS. Rosario quale “Terra Santa” per la sepoltura dei propri adepti. Alla “Terra Santa” si accede si accede dall’esterno della chiesa lato mare.